Lapinporokoira on suhteellisen terve ja pitkäikäinen rotu mutta silläkin on tiettyjä perinnöllisi sairauksia ja vikoja. Silmäsairaudet: HC Harmaakaihilla tarkoitetaan linssin läpinäkyvyyden heikentymistä johtuen erilaisista samentumista linssissä. Mikäli linssit samentuvat täysin, sokeutuu koira samalla. HC:n periytymistavasta ei ole varmuutta. PRA Verkkokalvon etenevä surkastuminen on resessiivisesti periytyvä silmäsairaus, jonka edetessä näkö alkaa heikkenemään johtaen pahimmillaan koiran sokeutumiseen. Lpk:lla esiintyy kahta eri PRA:ta. Toisen tyypin tunnistamiseen on olemassa geenitesti (prcd-PRA). RD Verkkokalvon kasvuhäiriö jaetaan kolmeen eri vakavuusasteeseen(MRD, GRD ja TRD). Ilmenee lievimmillään yksittäisinä poimuina verkkokalvolla mutta vakavimmassa muodossaan voi aiheuttaa verkkokalvon irtoamisen silmäpohjasta ja aiheuttaa sokeuden. PHTVL/PHPV Sairaus, jossa linssin ja ja silmänpohjan välinen sikiökautinen suoni ei ole surkastunut. Luokitellaan kuuteen eri asteeseen, joista lievimmässä ilmenee pieniä pigmentoituneita pisteitä, vaikeimmissa voi sokeuttaa. PPM Iriksen 1.värikalvon kehityshäiriö. Silmään on jäänyt kudossäikeitä sikiöaikaisesta silmän sisäisestä linssiä ja tulevaa värikalvoa peittävästä kalvosta. Yleensä muutokset ovat lieviä, eivätkä aiheuta oireita. Luusto: Lonkkaniveldysplasia Lonkkanivelen kehityshäiriössä reisiluun pää ei sovi tiiviisti lonkkamaljaan sen mataluuden vuoksi aiheuttaen epävakautta niveleen. "Lonkkavika" periytyy polygeenisesti eli siihen vaikuttaa useat eri geenit, myös ympäristötekijöillä on vaikutuksensa. Tavallisesti lonkkaniveldysplasia ei vaikeuta koiran elämää, mutta vaikea-asteisena voi aiheuttaa kipua ja rajoittaa harrastamista koiran kanssa. lonkkanivelen arvosteluasteikko Suomessa: A= terve, ei muutoksia B= lähes normaali/rajatapaus C= lievä lonkkaniveldysplasia D= kohtalainen/keskivaikea lonkkaniveldysplasia E= vaikea lonkkaniveldysplasia  Patella luksaatio Polvilumpion sijoiltaanmeno johtuu useimmiten polvinivelen synnynnäisestä virheasennosta, harvemmin patella luksaation aiheuttaa tapaturma. Hoidetaan kirurgisesti. Muut sairaudet: Epilepsia Epilepsialla tarkoitetaan aivojen sähköisen toiminnan häiriötä, joka aiheuttaa koiralle ajoittain toistuvia kahtauksia, jolloin koira saa mahdollisesti kouristuksia ja menettää tajuntansa eriasteisesti. Kohtauksen rajuus on yksilöllistä. Muuten koira voi olla terve ja käyttäytyä normaalisti kohtausten välillä. Epilepsiaa voidaan hoitaa aivotoimintaa rauhoittavilla lääkkeillä. Kilpirauhasen vajaatoiminta Häiriö kilpirauhasen tyroksiinin tuotannossa. Oireita ovat mm.turkin kuivuminen, lihominen jne. Sairauteen on olemassa lääkitys. Lapinporokoira voi myös sairastua muihinkin sairauksiin, kuten mikä tahansa koira rodusta riippumatta. Tällaisia sairauksia ovat esim. erilaiset allergiat, tulehdus- ja tartuntataudit, jne.